Modifikace oligo

6-FAM

Absorpční maximum:495 nm
Emisní maximum:520 nm
Jedná se o čistý izomer 6-karboxyfluoresceinu. Patří k nejpoužívanější fluorescenční modifikaci oligonukleotidů a je kompatibilní s většinou fluorescenčních zařízení. 6-FAM může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci i 3' konci.
6-FAM 6-FAM

 

Fluorescein

Absorpční maximum:494 nm
Emisní maximum:522 nm
Jedná se o směs izomerů 5- a 6- karboxyfluoresceinu. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci.
FLUORESCEINFLUORESCEIN

 

Fluorescein dT

Absorpční maximum:494 nm
Emisní maximum:522 nm
Fluorescein je připojen přes 6-uhlíkový spacer do polohy 5 thyminového kruhu. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci.
fluorescein dt

 

HEX

Absorpční maximum:537 nm
Emisní maximum:556 nm
Hexachlorofluorescein se běžně používá pro multiplexní reakce s FAM a TET. Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci.
HEX

 

TET

Absorpční maximum:519 nm
Emisní maximum:539 nm
Tetrachlorofluorescein se běžně používá pro multiplexní reakce s FAM a HEX. Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci.
TET

 

JOE

Absorpční maximum:529 nm
Emisní maximum:555 nm
6-karboxy-4 ', 5'-dichlor-2', 7'-dimethoxyfluorescein se běžně používá pro multiplexní reakce s FAM. Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci.
JOE

 

Cy3

Absorpční maximum:547 nm
Emisní maximum:563 nm
Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.
Cy3

 

Cy 3.5

Absorpční maximum:591 nm
Emisní maximum:604 nm
Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.
Cy 3.5

 

Cy5

Absorpční maximum:646 nm
Emisní maximum:662 nm
Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci. Purifikace modifikovaného oligonukleotidu nutná.
Cy5

 

Dy 547

Absorpční maximum:547 nm
Emisní maximum:574 nm
Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci.
Dy 547

 

Dy 647

Absorpční maximum:647 nm
Emisní maximum:673 nm
Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci. Purifikace modifikovaného oligonukleotidu nutná.
Dy 647

 

Yakima Yellow

Absorpční maximum:530 nm
Emisní maximum:549 nm
Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci i 3' konci.

 

 

Yakima Yellow

 

Yakima Yellow

 

Biotin

Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci i 3' konci. Molekula biotinu je od 3' konce řetězce oligonukleotidu oddělena 16-atomovým spacerem.

 

Biotin

Biotin

 

Biotin dT

Biotin dT je připojen přes 6-uhlíkový spacer do polohy 5 thyminového kruhu. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.
Biotin dt

 

Amino C3sp

Aminoskupina je vázána na 5' konec řetězce oligonukleotidu 3-uhlíkovým spacerem. Používá se jako mezistupeň pro další úpravy oligonukleotidu (vazba na speciální povrchy, konjugace).
Amino C3sp

 

Amino C6sp

Aminoskupina je vázána na 5' konec řetězce oligonukleotidu 6-uhlíkovým spacerem. Používá se jako mezistupeň pro další úpravy oligonukleotidu (vazba na speciální povrchy, konjugace).
Amino C6sp

 

3´ Amino C7sp

Aminoskupina je vázána na 3' konec řetězce oligonukleotidu 7-uhlíkovým spacerem. Používá se jako mezistupeň pro další úpravy oligonukleotidu (vazba na speciální povrchy, konjugace) při zachování 5' konce pro jinou modifikaci a jako blokáda 3' polymerázové extenze.
Amino C7sp

 

CFR 610

Absorpční maximum:590 nm
Emisní maximum:610 nm
CFR 610 je fluorofor z oranžovo-červené oblasti. Používá se i jako vhodná alternativa za fluorofor Texas Red. CFR 610 může být navázán k oligonukleotidu pouze na 5´konci.
CFR 610

 

CFR 635

Absorpční maximum:616 nm
Emisní maximum:635 nm
CFR 635 je fluorofor z oranžovo-červené oblasti. Používá se jako vhodná alternativa za LC red 640. CFR 635 může být navázán k oligonukleotidu pouze na 5´konci.
CFR 635

 

Thiol SH

Používá se jako mezistupeň pro další úpravy oligonukleotidu (vazba na speciální povrchy, konjugace). a jako blokáda 3' polymerázové extenze. Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci i 3' konci.
Thiol Thiol

 

Thiol S-S

Používá se jako mezistupeň pro další úpravy oligonukleotidu (vazba na speciální povrchy, konjugace). Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci.
Thiol S-S

 

dU

Deoxyuridin bývá v DNA oligonukleotidu nahrazován za deoxythimin. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci.
dU

 

Cholesterol

Zvyšuje lipofilitu oligonukleotidu a u antisense oligonukleotidů (fosforothioátů popř. jiných derivátů) zvyšuje prostupnost řetězců oligonukleotidů buněčnými membránami. Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci i 3' konci.

 

Cholesterol

Cholesterol

 

DNP

Značící molekula detekovatelná pomocí anti-DNP protilátky. Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci. Molekula dinitrofenylu je od 5' konce řetězce oligonukleotidu oddělena 15-atomovým spacerem.
DNP

 

Dabcyl

Absorpční maximum:478 nm
Relativně slabý quencher vhodný pro molecular beacons proby. Může být navázán k oligonukleotidu na 5'-konci i 3'-konci.

DABCYL

DABCYL

 

Eclipse

Absorpční maximum:530 nm
Quencher vhodný pro fluorofory emitující v rozsahu vlnových délek 480 - 580 nm. Může být navázán k oligonukleotidu na 5'-konci i 3'-konci.
BHQ1

 

BHQ1

Absorpční maximum:534 nm
Quencher vhodný pro fluorofory emitující v rozsahu vlnových délek 480 - 580 nm. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci.
BHQ1

 

BHQ2

Absorpční maximum:579 nm
Quencher vhodný pro fluorofory emitující v rozsahu vlnových délek 540 - 670 nm. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci.
BHQ2

 

BHQ3

Absorpční maximum:672 nm
Quencher vhodný pro fluorofory emitující v rozsahu vlnových délek 620 - 730 nm. Může být navázán k oligonukleotidu na 3'-konci.
BHQ1

 

BBQ650

Absorpční maximum:650 nm
Quencher vhodný pro fluorofory emitující v rozsahu vlnových délek 550 - 750 nm. Může být navázán k oligonukleotidu na 5'-konci i 3'-konci.
BHQ1

 

Spacer C3

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci. Vícenásobnou vazbou vytváří dlouhé hydrofobní rameno. Na 3' konci slouží jako blokátor 3' polymerázové extenze. Lze vázat několikrát za sebou.
Spacer C3

 

Spacer 9

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Lze vázat několikrát za sebou.
Spacer 9

 

Spacer 18

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Jedná se o nejdelší spacer, který může být navázán v rámci jedné modifikace.
Spacer 18

 

Spacer C12

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Lze vázat několikrát za sebou.
Spacer C12

 

D-spacer

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používá se jako stabilní abazické místo v řetězci oligonukleotidu.
D-spacer

 

PC Spacer

PC (Photo-cleavable) Spacer může být navázán mezi bazemi oligonukleotidu nebo mezi oligo a 5'-modifikační skupinu. UV záření vlnové délky 300 až 350 nm rozštěpí oligonukleotid na část se spacerem a oligonukleotid s fosfátovou modifikací na 5' konci.
PC Spacer

 

Amino C6sp-dA

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Primární skupina je přes spacer vázána k purinovému kruhu adenosinu.
Amino C6spdA

 

Amino C6sp-dC

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Primární skupina je přes spacer vázána k pyrimidinovému kruhu cytosinu.
Amino C6sp-dC

 

Amino N2-C6sp-dG

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Primární skupina je přes spacer vázána k purinovému kruhu guanosinu.
Amino N2-C6sp-dG

 

Amino C6sp-dT

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Primární skupina je přes spacer vázána k pyrimidinovému kruhu thyminu.
Amino C6sp-dT

 

5-Me-dC

Zvyšuje stabilitu duplexu a je vhodný pro antisense aplikace. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci.
5-Me-dC

 

8-Br-dA

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používá se pro krystalografické studie struktur oligonukleotidů. Je fotolabilní, čehož se využívá v cross-linking studiích zkoumajících struktury protein-DNA komplexů.
8-Br-dA

 

8-Br-dG

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používá se pro krystalografické studie struktur oligonukleotidů. Je fotolabilní, čehož se využívá v cross-linking studiích zkoumajících struktury protein-DNA komplexů.
8-Br-dG

 

5-Br-dC

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používá se pro krystalografické studie struktur oligonukleotidů. Je fotolabilní, čehož se využívá v cross-linking studiích zkoumajících struktury protein-DNA komplexů.
5-Br-dC

 

5-Br-dU

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci. Používá se pro krystalografické studie struktur oligonukleotidů. Je fotolabilní, čehož se využívá v cross-linking studiích zkoumajících struktury protein-DNA komplexů.
5-Br-dU

 

5-I-dC

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používá se pro krystalografické studie struktur oligonukleotidů. Je fotolabilní, čehož se využívá v cross-linking studiích zkoumajících struktury protein-DNA komplexů.
5-I-dC

 

5-I-dU

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používá se pro krystalografické studie struktur oligonukleotidů. Je fotolabilní, čehož se využívá v cross-linking studiích zkoumajících struktury protein-DNA komplexů.
5-I-dU

 

5-F-dU

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používá se pro krystalografické studie struktur oligonukleotidů. Je fotolabilní, čehož se využívá v cross-linking studiích zkoumajících struktury protein-DNA komplexů.
5-F-dU

 

8-Oxo-dA

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používá se pro studium struktury a aktivity oligonukleotidů obsahující 8-oxo mutaci, která vzniká v přírodě působením oxidačních vlivů nebo ionizujícího záření na DNA.
8-Oxo-dA

 

8-Oxo-dG

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používá se pro studium struktury a aktivity oligonukleotidů obsahující 8-oxo mutaci, která vzniká v přírodě působením oxidačních vlivů nebo ionizujícího záření na DNA.
8-Oxo-dG

 

8-Amino-dA

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používají se pro tvorbu triplexů, kterou umožňuje přítomnost další aminoskupiny.
8-Amino-dA

 

8-Amino-dG

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používají se pro tvorbu triplexů, kterou umožňuje přítomnost další aminoskupiny.
8-Amino-dG

 

2'-OMe-RNA

Na rozdíl od RNA je 2'-O-methyl-RNA chemicky stabilnější (vůči nukleázám je stabilní v řádu dní). Duplexy s RNA neaktivují RNázu H a jsou stabilnější (vyšší Tm) než duplexy DNA/RNA. Používá se především pro antisense aplikace. Může být navázána k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci.
2´-OMe-RNA

 

2'-F-RNA

2'-F-RNA jsou ještě stabilnější než 2'-O-methyl-RNA. Duplexy s RNA neaktivují RNázu H a jsou stabilnější (vyšší Tm) než duplexy RNA/2'-O-methyl-RNA. Používá se především pro antisense aplikace. Může být navázána k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci.
2´-F-RNA

 

2',3'-ddC

Slouží jako blokátor 3' polymerázové extenze. Může být navázán k oligonukleotidu na 3' konci.
2´,3´-ddC

 

2'-DeoxyNebularine

Univerzální baze nahrazující místo N v řetězci oligonukleotidu. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.
2´-DeoxyNebularine

 

5'-OMe-dT

Používá se k blokádě ligace na 5' konci. Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci.
5´-OMe-dT

 

C8-Alkyne-dT

Používá se ke konjugacím tzv. „Click chemií." Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.
C8-Alkyne-dT

 

C8-Alkyne-dC

Používá se ke konjugacím tzv. „Click chemií." Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.
C8-Alkyne-dC

 

7-Deaza-dA

Používá se pro zkoumání změny aktivity oligonukleotidu změnou hlavního konstrukčního prvku. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.
7-Deaza-dA

 

7-Deaza-8-aza-dA

Používá se pro zkoumání změny aktivity oligonukleotidu změnou hlavního konstrukčního prvku. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.
7-Deaza-8-aza-dA

 

3-Deaza-dA

Používá se pro zkoumání změny aktivity oligonukleotidu změnou hlavního konstrukčního prvku. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.
3-Deaza-dA

 

7-Deaza-8-aza-dG

Používá se pro zkoumání změny aktivity oligonukleotidu změnou hlavního konstrukčního prvku. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.
7-Deaza-8-aza-dG

 

Hexynyl

Používá se ke konjugacím tzv. „Click chemií." Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci.
Hexynyl

 

Trimethoxystilbene

Používá se pro zvýšení stability duplexu. Zvyšuje teplotu tání až o 10 °C. Umožňuje přípravu hybridizačních sond se zvýšenou afinitou ke komplementárním sekvencím. Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci.
Trimethoxystilbene

 

Pyrene

Používá se pro zvýšení stability duplexu. Zvyšuje teplotu tání až o 10 °C. Umožňuje přípravu hybridizačních sond se zvýšenou afinitou ke komplementárním sekvencím. Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci.
Pyrene

 

UAQ

Používá se pro zvýšení stability duplexu. Zvyšuje teplotu tání. a specifitu hybridizačních sond. Může být navázán k oligonukleotidu na 3' konci.
UAQ

 

Spermine

Používá se k přípravě oligospermin-oligonukleotidových konjugátů (Zip Nucleic Acids Oligos). ZNA oliga nalezla uplatnění např. v multiplex PCR, PCR s AT bohatými úseky, RT qPCR, detekci mikroRNA a vylepšení SNP diskriminace. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.
Spermine

 

5-(1-Propynyl)-dC (pdC)

Používá se pro zvýšení stability duplexu a teploty tání při zachování specifity. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.
5-(1-Propynyl)-dC (pdC)

 

5-(1-Propynyl)-dU (pdU)

Používá se pro zvýšení stability duplexu a teploty tání při zachování specifity. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.
5-(1-Propynyl)-dU (pdU)

 

N4-Et-dC

Používá se k náhradě dC v GC bohatých sekvencích pro potlačení sekundárních struktur oligonukleotidu, protože N4-Et-dC se specificky hybridizuje s přírodním dG. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.
N4-Et-dC

 

N6-Me-dA

Používá se pro zvýšení stability duplexu. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.
N6-Me-dA

 

Symetric doubler

Používá se k symetrickému větvení oligonukleotidu. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.
Symertic doubler

 

5-Me-dC-Brancher

Používá se k symetrickému i asymetrickému větvení větvení oligonukleotidu. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.
5-Me-dC-Brancher

 

Phosphat

Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci i 3' konci. Na 5' konci se používá pro ligaci. Na 3' konci slouží jako blokátor 3' polymerázové extenze.
Phosphat

 

 

Fosforothioáty

 

Fosforothioáty obsahují záměnu jednoho kyslíku ve fosfátové vazbě za síru. Záměnou kyslíku za síru se zvyšuje odolnost oligonukleotidu proti nukleázám.

čisté fosforothioáty: záměna je provedena ve všech fosfátových vazbách v řetězci
smíšené fosforothioáty: záměna je provedena jen na vybraných fosfátových vazbách.

Fosforothioáty jsou používány pro antisense aplikace, kde se většinou volí scale 10 µmol.

FOSFOROTHIOATY