Generi Biotech - Compounds and Services for Molecular Biology

• Real-time PCR sondy
  • KATALOG A CENÍK sond
  • Duálně značené sondy
  • Jednoduše značené sondy
  • Podmínky dodání
  • Objednávka sond
• Oligonukleotidy
  • Scale syntézy
  • Purifikace oligo
  • Kontrola kvality oligo
  • KATALOG A CENÍK oligo
  • Oligo bez modifikace
  • Modifikace na 3´ konci
  • Modifikace na 5´ konci
  • Modifikace fosfátové vazby
  • Modifikace na ribóze
  • RNA oligonukleotidy
  • Jiná modifikace
  • Oligo EXPRESS 24
  • Podmínky dodání
  • Objednávka oligo
• Oligo na destičce
  • Ceník
• MOJE OLIGO
  • Návod
  • Hledání
  • Demo
  • Změna kódu moje oligo

Oligo: terminologie pro začátečníky

Oligonukleotidy (oliga) jsou krátké řetězce syntetické DNA o délce obvykle 20 - 30 bazí (používají se však i řetězce v délkovém rozmezí 6 - 80 bazí). Oliga nacházejí uplatnění v mnoha technikách molekulární biologie od PCR a jejích modifikací, přes blotovací techniky (jako oligonukleotidové sondy) až po aplikace v genové terapii. Mimo molekulární biologii se používají i v dalších oborech, kde jsou sama předmětem studia, jako je např. imunologie, mikroelektronika a pod.

Oligonukleotidy jsou tvořeny stavebními jednotkami - deoxynukleotidy. Vždy tvoří jednořetězcovou strukturu a neobsahují fosfátovou skupinu ani na 5' ani na 3' konci. Syntetizují se s pomocí automatických syntetizérů. Nepřítomností koncových fosfátových skupin se syntetická oliga liší od fragmentů generovaných restrikčními enzymy.

Zápis sekvencí

Sekvence oligonukleotidu se zapisuje pomocí písmen A, G, C a T, které představují zkratky pro jednotlivé baze: adenin, guanin, cytosin, thymin. Ačkoliv přesná označení deoxynukleotidů jsou dA, dG, dC, dT („d" značí „deoxy"), písmeno „d" se vynechává pro délku zápisu sekvence a nepohodlné použití. Dle konvence se sekvence oligo vždy zapisuje ve směru 5´ - 3´. Je jedno, zda je sekvence zapsána velkými nebo malými písmeny.

Příklad oligonukleotidové sekvence:
5' AAGTCCGATGCAGGCCCCGTAG 3'

lepší je sekvenci zapsat v tripletech (pro lepší čtení a kontrolu sekvence) takto:
5' AAG TCC GAT GCA GGC CCC GTA G 3'

nebo jednodušeji:
AAG TCC GAT GCA GGC CCC GTA G

nebo také:
aag tcc gat gca ggc ccc gta g

Délka oligonukleotidu je vyjádřena počtem nukleotidů. Synonymní výrazy pro oligonukleotid jsou: oligomer, oligo (neformální), N-mer (kde N je číslo vyjadřující počet nukleotidů - např. 22-mer).

Typy olig

Oliga se používají buď v nemodifikovaném stavu (např. primery pro PCR), nebo různě modifikovaná (např. rozličné typy oligonukleotidových sond pro PCR nebo blotting). Množství možných modifikací je velké - pro jednoduchost je dělíme na modifikace na 5´ konci, modifikace na 3´ konci, modifikace uvnitř řetězce a modifikace kostry. Toto dělení je však dosti hrubé, protože existují modifikace, které těmto kritériím neodpovídají nebo jsou jejich kombinacemi. Pokud je při modifikaci oliga vnášena detekovatelná molekula (např. biotin, fluorescein a pod.), mluvíme o značení oliga.