Generi Biotech - Compounds and Services for Molecular Biology
PoradnaNa této stránce najdete prostor pro Vaše dotazy, názory a připomínky. Pokud máte nějaký dotaz, neváhejte se zeptat prostřednictvím elektronického formuláře. Odpověď bude jednak zaslána na uvedenou e-mailovou adresu a jednak (v případě Vašeho souhlasu) zveřejněna na našem webu. Osnova stránky:
Dobrý den, dnes jsem si objednal oligo dT přes Moje Oligo. V seznamu mých objednaných olig to ale nenaskočilo.Dobrý den pane docente, děkuji za Váš zájem a zde je krátký popis systému. Databáze Moje oligo není on-line spojena s objednávkami oligo. Poté, co objednávku obdržíme, je zkontrolována a převedena do naší databáze. Teprve z ní jsou data několikrát za den přehrána na web. Může se tedy stát, že objednaná oliga se na webu objeví až následující den.
Kdybych potřebovala připravit blokovací sondu dlouhou 17 nukleotidů (konkrétně aby se zabránilo amplifikaci WT sekvence při PCR a naopak umožnila selektivní amplifikace mutovaných alel), která modifikace na 3konci blokovacího oliga je stabilnější či lepší aby zabránila polymeraci? Aminoskupina nebo dideoxynukleotid?
Nabízíte kity pro detekci viru prasečí chřipky?Vzhledem k hrozící pandemii chřipky A/H1N1 (tzv. prasečí chřipka) nabízí GENERI BIOTECH s.r.o. sety primerů a sond pro vysoce citlivou detekci pomocí real-time PCR (qPCR). Více zde >>
Jak se liší příprava qPCR standardu od klonování PCR produktu?Tyto dvě služby se liší z několika hledisek, která se odvíjí od jejich využití. qPCR standardy jsou primárně určeny pro využití v real-time PCR, a proto se předpokládá, že inzerty budou dlouhé cca do 500 bp, a zákazník obdrží plasmid v takové koncentraci, která je vhodná pro přípravu kalibračních křivek. Výběr plasmidu závisí na způsobu přípravy PCR produktu a tento výběr zákazník nemůže ovlivnit. U klonování je délka PCR produktu omezená jen technickými možnostmi klonování (cca 3-4 kb, záleží na typu plasmidu). Zákazník obdrží takovou koncentraci plasmidu, která je vhodná pro různé využití (další klonovací práce, transfekce apod.)
Nabízíte náhodné hexanukleotidy?Ano, náhodné hexanukleotidy (hexamery) nabízíme jako hotový produkt. Více zde >>
Jaké jsou vlnové délky excitace a emise u Vámi dodávaných fluorescenčních barev pro značení oligo?V GENERI BIOTECH syntetizujeme oligonukleotidy značené několika běžně používanými fluorescenčními barvami (http://www.generi-biotech.com/oligo-katalog-modifikace-5-konec/). Jsme však schopni syntetizovat oligonukleotidy značené i mnoha dalšími, méně obvyklými, fluorescenčními barvami. Zde
Chcela by som sa Vás spýtať, ako sa dostanem do zoznamu mojich objednávok, ak nemám prístupové heslo do databáze Moje oligo?Váš kód pro vstup do databáze Moje oligo" je uveden na každém dodacím listu. Mohla bych se zeptat, zda a jakým způsobem by se dala zjistit reálná melting teplota (ne vypočítaná) duálně značené sondy a primerů?Obecně pokud je třeba Tm změřit, tak to lze provést změřením křivky tání na UV spektrofotometru s patřičným vybavením (temperované cely s programovatelným teplotním programem), nebo v real-time cykléru s využitím SybrGreenu. Vždy je však třeba mít dvě komplementární sekvence. Naše praktické zkušenosti však ukazují, že ačkoliv Tm vypočítaná podle metody "nearest neighbour" s korekcí koncentrace kationtů většinou nejvíce odpovídá realitě, tak je vždy třeba reálnou Tm (resp. Ta při PCR) optimalizovat experimentálně.
Sety pro kvantifikaci housekeepingových/referenčních genů od renomovaného výrobce množí genomovou DNA a pro můj experimentální setup to znamená, že musím RNA ošetřit DNázou. Vámi nabízené referenční geny také množí genomovou DNA?Veškeré soupravy pro kvantifikaci exprese referenčních genů nabízené GENERI BIOTECH jsou validovány a zaručeně genomovou DNA nemnoží. Více zde >>
Pro své experimenty jsem dosud používal housekeepingový gen, který mi doporučil kolega z vedlejší laboratoře. Při současných experimentech nám ale výsledky nevycházejí jak by měly.Obecně se doporučuje při experimentech s kvantifikací genové exprese pomocí real-time PCR pro každý návrh experimentu zjistit stabilní referenční gen výběrem z více změřených referenčních genů. (článek 1, článek 2). Současně je velmi vhodné i při samotné kvantifikaci exprese používat více než jeden referenční gen pro normalizaci. (více zde >>).
Potřebuji rychle oliga a rád bych si je objednal z webového formuláře. Objednávací systém našeho pracoviště však vyžaduje pouze oficiální objednávku přes administrativní oddělení s vlastním číslem. Lze tuto situaci řešit?Objednejte si oliga z webového formuláře, do poznámky ve formuláři napište - fakturujte až po obdržení oficiální objednávky - pokud již budete znát její číslo, uveďte jej. Oliga odešleme pouze s dodacím listem a fakturaci provedeme po obdržení a přiřazení Vaší webové objednávky s objednávkou z administrativního oddělení.
Naše pracoviště se přestěhovalo. Po prvním objednání z nové adresy jsem dostala nový přístupový kód do databáze MOJE OLIGO. Chtěla bych ale mít přístup ke všem svým objednávkám z jednoho kódu. Dá se s tím ještě něco dělat?Pošlete nám údaje o vaší firmě (starou i novou dodací adresu) a kódy MOJE OLIGO. Vyberte si kód, který chcete zrušit, a který ponechat. My sjednotíme nový a starý kód. Změnu provedeme tak, že se v MOJE OLIGO projeví během několika dnů. Více o situacích, kde je požadována změna kódu MOJE OLIGO zde >>
Jaký typ purifikace oligo si mám vybrat?GENERI BIOTECH nabízí standardní (Sephadex), OPC a HPLC purifikaci oligonukleotidů. V případě nemodifikovaných oligo do délky 40 bazí a pro běžné aplikace (PCR) je dostačující standardní purifikace. Pro citlivější aplikace doporučujeme OPC purifikaci, která je srovnatelná s HPLC purifikací a vykazuje nejpříznivější poměr kvalita/cena - více zde >>
Proč nenabízíte qPCR soupravy se SYBR Green I?Na základě vlastních experimentálních zkušeností GENERI BIOTECH nabízí pouze qPCR soupravy s hydrolyzačními sondami. Důvodem je nesrovnatelně vyšší citlivost a specifita detekce amplifikovaného produktu v případě oligonukleotidových sond oproti SYBR Green I, kdy s vysokou pravděpodobností dochází k detekci primer-dimer artefaktů a jiných nespecifických produktů amplifikace - více zde >>
Je opravdu nutná purifikace PCR produktu před sekvenací?Ano. PCR produkt obsahuje neinkorporované dNTP a primery, které je před sekvenací nutné odstranit (dNTP z amplifikační reakce mění poměr koncentrace dNTP/ddNTP v sekvenační reakci). Pokud PCR produkt izolujeme z agarózového gelu, obsahuje i nadbytečné sole přítomné v elektroforetickém pufru. K purifikaci lze použít některý z komerčních kitů, které pracují na různém principu: vazba DNA na silikátovou membránku (např. QIAquick PCR Purification Kit), separace solí, dNTP a primerů na základě molekulové hmotnosti pomocí gelu (např. CENTRI SPIN 20) nebo enzymatická jednokroková purifikace (např. ExoSAP). Výtěžek purifikace záleží především na délce PCR produktu a výslednou koncentraci je nutno elektroforeticky ověřit - více zde >>.
Jaká je stabilita Vašich oligo a doporučení pro skladování?Stabilita oligonukleotidů je v povědomí odborné veřejnosti často zatížena mýty o jejich nestálosti. V GENERI BIOTECH jsme si experimentálně ověřili, že oligonukleotidy zůstávají stabilní i tehdy, jsou-li podrobeny velmi špatnému zacházení. Konkrétní ukázku experimentu s výsledky naleznete zde. Oliga doporučujeme po naředění rozdělit do alikvotů a uchovávat při -20 °C - více zde >>.
Můžete mi nějak pomoci s návrhem kvantitativního real-time PCR systému?GENERI BIOTECH kromě syntézy primerů a real-time PCR sond dle sekvence zadané klientem nabízí také hotové qPCR soupravy, kompletní zpracování designu a optimalizace qPCR souprav na zakázku, popř. poskytujeme také komplexní službu kvantifikace genové exprese, kde provedeme všechny potřebné kroky k získání výsledků relativní nebo absolutní kvantifikace - více zde >>.
K čemu slouží interní pozitivní kontroly v real-time PCR?Interní pozitivní kontrola je další real-time PCR systém (templát, primery, sonda), který se přidává do reakční směsi spolu se systémem detekujícím cílovou sekvenci (probíhá duplexní reakce). Sledování amplifikace pozitivní kontroly je důležité k odhalení falešných pozitivních výsledků, které mohou vzniknou vlivem inhibice PCR. GENERI BIOTECH nabízí specifické interní pozitivní kontroly, nebo univerzální kontrolu - více zde >>.
Mohu mít v jednom oligonukleotidu více modifikací?Ano, můžete. GENERI BIOTECH nabízí jednak modifikace oligo uvedené v našem katalogu a jednak jsme na přání zákazníka schopni připravit i alternativní varianty modifikací popř. jejich různé kombinace. V případě jakékoliv "nestandardní" objednávky doporučujeme kontaktovat náš personál na e-mailové adrese oligo@generi-biotech.com a domluvit se na nejschůdnějším a nejekonomičtějším řešení vašeho požadavku.
Vyrábíte také oligo s degenerovanými pozicemi?Ano, vyrábíme. GENERI BIOTECH nabízí degenerované oligonukleotidy se směsnými pozicemi tvořenými buď prostým mixem bazí nebo inosinem. Katalog a ceník degenerovaných oligonukleotidů najdete zde.
Má sekvence oligonukleotidu vliv na úspěšnost syntézy?Ano, má. Výtěžek syntézy se jednak snižuje s délkou oligonukleotidu (dochází k většímu podílu kratších nedosyntetizovaných řetězců) a jednak závisí přímo na sekvenci. Řetězce s vysokým zastoupením G a A, které mají nižší coupling, poskytnou znatelně nižší výtěžek než řetězce s vysokým podílem C a T. Nejniží výtěžek mají čisté řetězce polypurinů - více zde >>.
Jaká je minimální a maximální délka syntézy oligonukleotidů?Standardně syntetizujeme oliga v délce od 2 do 99 bazí. Po konzultaci připravíme i delší řetězce - pište na oligo@generi-biotech.com.
Co znamená pojem „Zvýhodněný uživatel"?Pojmem „Zvýhodněný uživatel" označujeme naše stálé zákazníky, kteří mají nárok na slevu všech objednávek oligonukleotidů a sond. „Zvýhodněným uživatelem" se běžný uživatel stane poté co si v GENERI BIOTECH objedná množství oligo či sond odpovídající tzv. kumulativní spotřebě 2000 bazí. Status „Zvýhodněného uživatele" si pak drží do konce roku a po celý rok následující - více zde >>
Jakou používáte kontrolu kvality oligonukleotidů?Pro kontrolu kvality našich oligo standardně používáme MALDI-TOF kontrolu kvality. Za příplatek provádíme také HPLC kontrolu kvality - více zde >>
Co když mé oligo nebude fungovat? Dostanu zpátky peníze?Produkty lze reklamovat do 6 měsíců od jejich obdržení, není-li uvedena u konkrétního produktu jiná lhůta. Pokud není zjevná chyba v použití produktu na straně zákazníka, reklamace je řešena po dohodě se zákazníkem dodávkou nového produktu zdarma. V roce 2008 jsme neměli žádnou reklamaci oliga nebo sondy.
Množství oliga, které jsem si objednal zjevně neodpovídá zadané scale. Proč?Objednaná scale syntézy pouze orientačně označuje výsledné množství. Absolutní množství produktu závisí na délce oligonukleotidu (čím delší, tím větší ztráty) a zadaném typu purifikace (při HPLC purifikaci dochzází k vysokým ztrátám) - více zde >>
Jak probíhá syntéza oligonukleotidů?Syntéza oligonukleotidů in vitro se v GENERI BIOTECH provádí tzv. fosforamiditovou metodou, jejíž princip spočívá v cyklickém blokování reaktivních skupin rostoucího oligonukleotidu chránícími molekulami a jejich následném odkrývání za účelem připojení další baze - více zde >>
|
