|
O duálně značených sondáchTechnologie duálně značených sond (nazývaných též hydrolyzační sondy nebo TaqMan® sondy) využívá 5´-3´ exonukleázové aktivity Taq DNA polymerázy ke štěpení neprodlužovatelné sondy značené na koncích párem fluoroforů, z nichž jeden je fluoreskující (reporter) a druhý nefluoreskující - tzv. quencher (zhášeč). Sonda je navržena tak, aby její sekvence byla komplementární k určité cílové sekvenci uvnitř amplifikovaného regionu. Pokud je sonda v intaktním stavu, jsou oba fluorofory drženy v prostorové blízkosti a quencher pohlcuje (zháší) fluorescenční záření emitované reporterem. Pokud sonda zhybridizuje s cílovou sekvencí, je během elongační fáze PCR štěpena prostřednictvím 5´-3´ exonukleázové aktivity Taq DNA polymerázy, čímž dochází k prostorovému oddělení fluoroforů a zvýšení fluorescenční aktivity reporteru.
Hydrolyzační sondy jsou obvykle značeny reporterem na 5´ konci a quencherem na 3´ konci. Volba reporteru závisí na excitačních a emisních kanálech použitého real-time PCR cycleru (téměř každý real-time PCR cycler disponuje kanálem pro fluorescein - FAM). Jako zhášeče se dnes obvykle využívají quenchery typu BHQ (Black Hole Quencher), které zhášejí rozsáhlé spektrum fluoroforů a nemají autofluorescenci. GENERI BIOTECH dodává hydrolyzační sondy značené reportery FAM a HEX v kombinaci s quencherem BHQ1 a Cy3, Cy5 a PULSAR v kombinaci s BHQ2. |