Inosin
2´deoxyinosin je „univerzální“ baze (má schopnost se vázat na každou ze 4 standardních bazí). Může byt umístěn kdekoliv v řetězci oligonukleotidu.
Univerzální baze je modifikovaná nukleobaze, která se dokáže nespecificky párovat s více než jednou ze čtyř standardních bazí DNA (adeninem – A, thyminem – T, guaninem – G a cytosinem – C). Ideální univerzální baze by měla tuto schopnost vykazovat bez významného snížení stability DNA dupletu a bez interference s aktivitou DNA polymeráz.
Nejběžněji používanou univerzální bazí je inosin, avšak existuje několik dalších analogů s podobnými vlastnostmi.
| Název | Popis | Preferenční párování bazí |
| Inosin (I) | Přirozeně se vyskytující purin; nejrozšířenější univerzální báze používaná v oligonukleotidech. | Primárně se páruje s cytosinem (C), avšak může vytvářet tzv. wobble páry také s adeninem (A), thyminem (T) a guaninem (G). |
| 5-Nitroindol | Syntetický analog baze často využívaný v molekulární biologii. | Dobře se stohuje v DNA řetězci, avšak netvoří (nebo jen velmi slabě tvoří) vodíkové vazby; funguje jako tzv. „univerzální výplň“ (universal placeholder). |
| 3-Nitropyrrol | Univerzální baze bez schopnosti tvorby vodíkových vazeb. | Funkčně obdobný 5-nitroindolu. |
| 2-Aminopurin | Fluorescenční* analog adeninu vykazující částečně univerzální vlastnosti. | Méně univerzální, avšak může se párovat s více než jednou bazí. |
| „Degen bases“ (např. dK, dP z párovacích systémů typu isoG–isoC) | Používají se v syntetické biologii a mutagenezi. | Baze specifické, nikoli zcela univerzální; mohou být využity při návrhu degenerovaných primerů. |
| Dihydrouracil, hypoxanthin | Historicky používané baze. | V současnosti považovány za zastaralé. |
* Na rozdíl od přirozených nukleobazí je 2-aminopurin vysoce fluorescenční, s excitačním maximem přibližně při 305–310 nm a emisním maximem kolem 370–380 nm.
Inosin je enzymaticky dobře tolerován, například DNA polymerázami, což jej činí vhodným pro použití v PCR primerech, hybridizačních sondách a degenerovaných sekvencích.
Například báze typu 5-nitroindol slouží spíše jako strukturální náhrada – zajišťuje správné stohování v dupletu, ale není dobře tolerována enzymy, a proto se nepoužívá v enzymatických reakcích.
Je však třeba poznamenat, že univerzální báze obvykle snižují stabilitu DNA dupletu, zejména pokud jsou v sekvenci použity opakovaně. Proto se zpravidla umisťují pouze na omezený počet pozic.
Požadavek byl úspěšně odeslán
Thank you for your interest in our testing services. We will reply to your e-mail address as soon as possible.
Děkujeme za vaši poptávku
Děkujeme za vaši poptávku
Vaše registrace byla odeslána.
Děkujeme za vaši poptávku