Inosin
2´deoxyinosin je „univerzální“ baze (má schopnost se vázat na každou ze 4 standardních bazí). Může byt umístěn kdekoliv v řetězci oligonukleotidu.
Univerzální baze je modifikovaná nukleobaze, která se dokáže nespecificky párovat s více než jednou ze čtyř standardních bazí DNA (adeninem – A, thyminem – T, guaninem – G a cytosinem – C). Ideální univerzální baze by měla tuto schopnost vykazovat bez významného snížení stability DNA dupletu a bez interference s aktivitou DNA polymeráz.
Nejběžněji používanou univerzální bazí je inosin, avšak existuje několik dalších analogů s podobnými vlastnostmi.
| Název | Popis | Preferenční párování bazí |
| Inosin (I) | Přirozeně se vyskytující purin; nejrozšířenější univerzální báze používaná v oligonukleotidech. | Primárně se páruje s cytosinem (C), avšak může vytvářet tzv. wobble páry také s adeninem (A), thyminem (T) a guaninem (G). |
| 5-Nitroindol | Syntetický analog baze často využívaný v molekulární biologii. | Dobře se stohuje v DNA řetězci, avšak netvoří (nebo jen velmi slabě tvoří) vodíkové vazby; funguje jako tzv. „univerzální výplň“ (universal placeholder). |
| 3-Nitropyrrol | Univerzální baze bez schopnosti tvorby vodíkových vazeb. | Funkčně obdobný 5-nitroindolu. |
| 2-Aminopurin | Fluorescenční* analog adeninu vykazující částečně univerzální vlastnosti. | Méně univerzální, avšak může se párovat s více než jednou bazí. |
| „Degen bases“ (např. dK, dP z párovacích systémů typu isoG–isoC) | Používají se v syntetické biologii a mutagenezi. | Baze specifické, nikoli zcela univerzální; mohou být využity při návrhu degenerovaných primerů. |
| Dihydrouracil, hypoxanthin | Historicky používané baze. | V současnosti považovány za zastaralé. |
* Na rozdíl od přirozených nukleobazí je 2-aminopurin vysoce fluorescenční, s excitačním maximem přibližně při 305–310 nm a emisním maximem kolem 370–380 nm.
Inosin je enzymaticky dobře tolerován, například DNA polymerázami, což jej činí vhodným pro použití v PCR primerech, hybridizačních sondách a degenerovaných sekvencích.
Například báze typu 5-nitroindol slouží spíše jako strukturální náhrada – zajišťuje správné stohování v dupletu, ale není dobře tolerována enzymy, a proto se nepoužívá v enzymatických reakcích.
Je však třeba poznamenat, že univerzální báze obvykle snižují stabilitu DNA dupletu, zejména pokud jsou v sekvenci použity opakovaně. Proto se zpravidla umisťují pouze na omezený počet pozic.
Radovan Haluza
Požadavek byl úspěšně odeslán
Thank you for your interest in our testing services. We will reply to your e-mail address as soon as possible.
Děkujeme za vaši poptávku
Děkujeme za vaši poptávku
Vaše registrace byla odeslána.
Děkujeme za vaši poptávku