O oligách

Co je univerzální baze?

Co je univerzální baze?

Univerzální baze je modifikovaná nukleobaze, která se dokáže nespecificky párovat s více než jednou ze čtyř standardních bazí DNA (adeninem – A, thyminem – T, guaninem – G a cytosinem – C). Ideální univerzální baze by měla tuto schopnost vykazovat bez významného snížení stability DNA dupletu a bez interference s aktivitou DNA polymeráz.

Nejběžněji používanou univerzální bazí je inosin, avšak existuje několik dalších analogů s podobnými vlastnostmi.

 

Běžně používané univerzální baze v syntéze oligonukleotidů

Název Popis Preferenční párování bazí
Inosin (I) Přirozeně se vyskytující purin; nejrozšířenější univerzální báze používaná v oligonukleotidech. Primárně se páruje s cytosinem (C), avšak může vytvářet tzv. wobble páry také s adeninem (A), thyminem (T) a guaninem (G).
5-Nitroindol Syntetický analog baze často využívaný v molekulární biologii. Dobře se stohuje v DNA řetězci, avšak netvoří (nebo jen velmi slabě tvoří) vodíkové vazby; funguje jako tzv. „univerzální výplň“ (universal placeholder).
3-Nitropyrrol Univerzální baze bez schopnosti tvorby vodíkových vazeb. Funkčně obdobný 5-nitroindolu.
2-Aminopurin Fluorescenční* analog adeninu vykazující částečně univerzální vlastnosti. Méně univerzální, avšak může se párovat s více než jednou bazí.
„Degen bases“ (např. dK, dP z párovacích systémů typu isoG–isoC) Používají se v syntetické biologii a mutagenezi. Baze specifické, nikoli zcela univerzální; mohou být využity při návrhu degenerovaných primerů.
Dihydrouracil, hypoxanthin Historicky používané baze. V současnosti považovány za zastaralé.

* Na rozdíl od přirozených nukleobazí je 2-aminopurin vysoce fluorescenční, s excitačním maximem přibližně při 305–310 nm a emisním maximem kolem 370–380 nm.

 

Inosin je enzymaticky dobře tolerován, například DNA polymerázami, což jej činí vhodným pro použití v PCR primerech, hybridizačních sondách a degenerovaných sekvencích.
Například báze typu 5-nitroindol slouží spíše jako strukturální náhrada – zajišťuje správné stohování v dupletu, ale není dobře tolerována enzymy, a proto se nepoužívá v enzymatických reakcích.

Je však třeba poznamenat, že univerzální báze obvykle snižují stabilitu DNA dupletu, zejména pokud jsou v sekvenci použity opakovaně. Proto se zpravidla umisťují pouze na omezený počet pozic.

 

 

Doporučené produkty
Inosin

Inosin Inosin

2´deoxyinosin je „univerzální“ baze (má schopnost se vázat na každou ze 4 standardních bazí). Může byt umístěn kdekoliv v řetězci oligonukleotidu.

Více
Doporučené články
O oligách

Degenerované baze v oligonukleotidech

Degenerované baze v oligonukleotidech

Degenerované baze, jako dK a dP, představují syntetické, nestandardní nukleobaze používané v molekulární biologii, zejména při syntéze oligonukleotidů, s cílem umožnit degenerované (ambiguózní) párování bazí. Tyto baze slouží jako alternativy ke klasické degenerované bazi „N“, která představuje směs čtyř standardních bází (A, T, G, C), avšak systém dK/dP umožňuje vyšší kontrolu a lepší výkonnost v

Více
O oligách

Inosin (I) vs. degenerovaná baze „N“ v oligonukleotidech

Inosin (I) vs. degenerovaná baze „N“ v oligonukleotidech

Degenerovaná baze „N“ a univerzální baze inosin (I) obě slouží k zavedení bazové nejednoznačnosti (ambiguity) při syntéze oligonukleotidů. Tyto dva přístupy však fungují na odlišných principech a používají se v různých experimen­tálních kontextech.   Inosin (I) vs. degenerovaná baze „N“  Vlastnost Inosin (I) Degenerovaná baze „N“ Chemická identita Jediný, chemicky definovaný modifikovaný nukleotid Směs čtyř

Více
Doporučené produkty
5-I-dU

5-I-dU 5-I-dU

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používá se pro krystalografické studie struktur oligonukleotidů. Je fotolabilní, čehož se využívá v cross-linking studiích zkoumajících struktury protein-DNA komplexů.

Více
C8-Alkyne-dT

C8-Alkyne-dT C8-Alkyne-dT

Používá se ke konjugacím tzv. „Click chemií." Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.

Více
7-Deaza-8-aza-dG

7-Deaza-8-aza-dG 7-Deaza-8-aza-dG

Používá se pro zkoumání změny aktivity oligonukleotidu změnou hlavního konstrukčního prvku. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.

Více