Digitální PCR v GENERI BIOTECH

Na našem pravidelném každoměsíčním Science Clubu jsme se tentokrát ponořili do tajů digitální PCR (dPCR). Společně jsme probrali nejen teoretické základy a technologické rozdíly oproti zavedené qPCR, ale ukázali jsme si i první vlaštovky z našeho vlastního testování a vývoje.

Proč dPCR?

Zatímco klasická kvantitativní PCR (qPCR) spoléhá na měření fluorescence v reálném čase během exponenciální fáze amplifikace, digitální PCR k věci přistupuje principiálně jinak. Vzorek je před samotnou reakcí rozdělen do obrovského množství miniaturních oddílů – ať už ve formě emulze u tzv. droplet dPCR, nebo pomocí speciálních mikrofluidních čipů. Měření fluorescence pak probíhá jako absolutní měření až v koncovém bodě reakce u každého oddílu zvlášť.

Tento technologický posun přináší laboratořím několik zásadních výhod:

• Absolutní kvantifikace: zcela odpadá nutnost používat kalibrační křivku, systém počítá přímo absolutní počet kopií cílové molekuly.
• Extrémní citlivost: dPCR exceluje při analýze velmi vzácných cílových sekvencí a mutací na pozadí běžných (wild-type) variant.
• Vysoká odolnost: rozdělení reakce do tisíců komůrek výrazně napomáhá efektivní eliminaci PCR inhibitorů.
• Široké uplatnění: technologie je neocenitelná pro absolutní kvantifikaci virové nálože, přesnou analýzu změn počtu kopií nebo identifikaci složitějších molekul s více cílovými sekvencemi.

Od teorie k praxi: vývoj v GENERI BIOTECH

V GENERI BIOTECH nezůstáváme pouze u teoretických konceptů. Pro naše vývojové experimenty využíváme špičkový systém QuantStudio Absolute Q, který se opírá o inovativní technologii mikrofluidních destiček.

Během Science Clubu jsme nahlédli pod pokličku našich optimalizačních procesů. Dobrou zprávou je, že jsme si v praxi ověřili plnou kompatibilitu našich zavedených assayí s technologií dPCR a komerčně dostupnými master mixy.

Náš R&D tým se však dívá ještě o krok dál. Intenzivně se aktuálně věnujeme vývoji a ladění našeho vlastního GB Master Mixu, aby stoprocentně vyhovoval přísným nárokům digitální PCR. Optimalizujeme například ideální koncentrace referenčních barviv, jako je ROX, tak, abychom dosáhli co nejčistšího a nejpřesnějšího čtení.

Plány do budoucna jsou jasně dané. A velké!

Magdalena Křišťanová

Leona Hofmeisterová