Scale syntézy

Standardní neznačené oligonukleotidy syntetizujeme v množstevních škálách (dále scale) 20 nmol, 40 nmol, 200 nmol a 1 µmol. Zadaná scale v objednávce znamená, že reálné množství výsledného produktu se bude pohybovat v rozmezí obvyklého a garantovaného výtěžku (viz hodnoty výtěžků níže).

Reálné množství výsledného produktu závisí na:

  • výtěžku syntézy, který klesá s délkou výsledného produktu
  • typu purifikace, při které dochází ke ztrátám
  • druhu modifikace

Pro většinu technik molekulární biologie je dostačující scale syntézy 40 nmol (oligonukleotid vystačí pro více než 3000 běžných PCR reakcí) a standardní typ purifikace.  Při objednávce syntézy dlouhých sekvencí (nad 50 bazí), je zapotřebí počítat s relativně nižším podílem oligonukleotidů správné délky. Pro odstranění kratších nedosyntetizovaných řetězců proto doporučujeme objednat OPC nebo HPLC purifikaci. V takovém případě je také třeba počítat s nižším výtěžkem syntézy a objednat vyšší scale.

Níže uvedené garantované výtěžky platí pouze pro standardní neznačené oligonukleotidy.

 

Garantované a obvyklé výtěžky jednotlivých typů purifikací (neznačené oligo)

SCALE 20 nmol garantovaný výtěžek (nmol) obvyklý výtěžek (nmol)
standardní purifikace 10 13-20
OPC purifikace 8 13-17
HPLC purifikace N/A N/A

 

SCALE 40 nmol garantovaný výtěžek (nmol) obvyklý výtěžek (nmol)
standardní purifikace 20 35-40
OPC purifikace 10 30-35
HPLC purifikace 5 10-35

 

SCALE 200 nmol garantovaný výtěžek (nmol) obvyklý výtěžek (nmol)
standardní purifikace 60 130-180
OPC purifikace 40 45-130
HPLC purifikace 20 25-100

 

SCALE 1 µmol garantovaný výtěžek (nmol) obvyklý výtěžek (nmol)
standardní purifikace 300 350-500
OPC purifikace 100 200-300
HPLC purifikace 50 100-250