Scale syntézy
Standardní neznačené oligonukleotidy syntetizujeme v množstevních škálách (dále scale) 20 nmol, 40 nmol, 200 nmol a 1 µmol. Zadaná scale v objednávce znamená, že reálné množství výsledného produktu se bude pohybovat v rozmezí obvyklého a garantovaného výtěžku (viz hodnoty výtěžků níže).
Reálné množství výsledného produktu závisí na:
- výtěžku syntézy, který klesá s délkou výsledného produktu
- typu purifikace, při které dochází ke ztrátám
- druhu modifikace
Pro většinu technik molekulární biologie je dostačující scale syntézy 40 nmol (oligonukleotid vystačí pro více než 3000 běžných PCR reakcí) a standardní typ purifikace. Při objednávce syntézy dlouhých sekvencí (nad 50 bazí), je zapotřebí počítat s relativně nižším podílem oligonukleotidů správné délky. Pro odstranění kratších nedosyntetizovaných řetězců proto doporučujeme objednat OPC nebo HPLC purifikaci. V takovém případě je také třeba počítat s nižším výtěžkem syntézy a objednat vyšší scale.
Níže uvedené garantované výtěžky platí pouze pro standardní neznačené oligonukleotidy.
Garantované a obvyklé výtěžky jednotlivých typů purifikací (neznačené oligo)
| SCALE 20 nmol | garantovaný výtěžek (nmol) | obvyklý výtěžek (nmol) |
|---|---|---|
| standardní purifikace | 10 | 13-20 |
| OPC purifikace | 8 | 13-17 |
| HPLC purifikace | N/A | N/A |
| SCALE 40 nmol | garantovaný výtěžek (nmol) | obvyklý výtěžek (nmol) |
|---|---|---|
| standardní purifikace | 20 | 35-40 |
| OPC purifikace | 10 | 30-35 |
| HPLC purifikace | 5 | 10-35 |
| SCALE 200 nmol | garantovaný výtěžek (nmol) | obvyklý výtěžek (nmol) |
|---|---|---|
| standardní purifikace | 60 | 130-180 |
| OPC purifikace | 40 | 45-130 |
| HPLC purifikace | 20 | 25-100 |
| SCALE 1 µmol | garantovaný výtěžek (nmol) | obvyklý výtěžek (nmol) |
|---|---|---|
| standardní purifikace | 300 | 350-500 |
| OPC purifikace | 100 | 200-300 |
| HPLC purifikace | 50 | 100-250 |