Scale syntézy

Oliga syntetizujeme v množstevních škálách (dále scale) 20 nmol, 40 nmol, 200 nmol, 1 µmol a 10 µmol. Zadaná scale znamená, že reálné množství výsledného produktu se bude pohybovat kolem této hodnoty.

Reálné množství výsledného produktu závisí na:

  • výtěžku syntézy, který klesá s délkou výsledného produktu
  • typu purifikace, při které dochází k určitým ztrátám

Pro většinu technik molekulární biologie je dostačující scale syntézy 40 nmol (oligo vystačí pro více než 3000 běžných PCR reakcí). Naopak pro použití oliga jako genového terapeutika nebo pro strukturální experimenty je vhodnou scale 10 µmol.

Při objednávce syntézy dlouhých oligo (nad 50 bazí), je zapotřebí počítat s relativně nižším podílem oligonukleotidů správné délky. Pro odstranění kratších nedosyntetizovaných řetězců proto doporučujeme objednat OPC nebo HPLC purifikaci oligo. V takovém případě je také třeba počítat s nižším výtěžkem syntézy a objednat vyšší scale.

 

Garantované a obvyklé výtěžky jednotlivých typů purifikací (oligo o délce 15-50 bazí)

SCALE 20 nmol garantovaný výtěžek (nmol) obvyklý výtěžek (nmol)
standardní purifikace 10 13-20
OPC purifikace 8 13-17
HPLC purifikace N/A N/A

 

SCALE 40 nmol garantovaný výtěžek (nmol) obvyklý výtěžek (nmol)
standardní purifikace 20 35-40
OPC purifikace 10 30-35
HPLC purifikace 5 10-35

 

SCALE 200 nmol garantovaný výtěžek (nmol) obvyklý výtěžek (nmol)
standardní purifikace 60 130-180
OPC purifikace 40 45-130
HPLC purifikace 20 25-100

 

SCALE 1 µmol garantovaný výtěžek (nmol) obvyklý výtěžek (nmol)
standardní purifikace 300 350-500
OPC purifikace 100 200-300
HPLC purifikace 50 100-250