ENG 
CZE 
Inosin
2'deoxyinosin is a "universal" base (it has the ability to bind to each of the 4 standard bases). It can be located anywhere in the oligonucleotide chain.
Degenerovaná baze „N“ a univerzální baze inosin (I) obě slouží k zavedení bazové nejednoznačnosti (ambiguity) při syntéze oligonukleotidů. Tyto dva přístupy však fungují na odlišných principech a používají se v různých experimentálních kontextech.
Inosin (I) vs. degenerovaná baze „N“
| Vlastnost | Inosin (I) | Degenerovaná baze „N“ |
| Chemická identita | Jediný, chemicky definovaný modifikovaný nukleotid | Směs čtyř standardních bazí: A, C, G a T |
| Párování bazí | Preferenčně se páruje s cytosinem (C), avšak umožňuje i tzv. wobble párování s adeninem (A), thyminem (T) a guaninem (G) | Každá molekula obsahuje jednu ze čtyř bazí (A, C, G nebo T); skutečně náhodná distribuce |
| Použití při syntéze | Definovaná substituce nukleotidu v určité pozici | Náhodná pozice během syntézy (teoreticky 1 : 1 : 1 : 1 směs čtyř bazí) |
| Obvyklé použití | Hybridizační sondy, definované degenerované primery, univerzální primery | Náhodné knihovny, mutageneze, barcoding, primer walking |
| Stabilita dupletu | Stabilnější duplexy díky definovaným vodíkovým vazbám | Variabilní stabilita v závislosti na konkrétní bazi inkorporované do dané pozice |
| Rozpoznávání polymerázou | Většina DNA polymeráz akceptuje inosiny, zejména při hybridizaci | Polymerázy prodlužují všechny čtyři baze, účinnost se však může lišit v pozicích s heterogenním složením |
| Sekvenování | Inosin je obvykle čten jako guanin (G) nebo cytosin (C) | Sekvence jsou heterogenní — vyžadují slučování (pooling) nebo konsenzuální sekvence |
| Cena | Vyšší, vzhledem k použití modifikované baze | Standardní cena při běžné syntéze |
| Typ aplikace | Zaměřené, specifické degenerované místo | Plně náhodná pozice v dané sekvenci |
Výhody inosinové baze (I)
- Nižší úroveň nejednoznačnosti — každá oligonukleotidová molekula obsahuje stejnou bazi.
- Lépe kontrolovatelné hybridizační chování.
- Vhodnější pro konzistentní vazbu v degenerovaných pozicích primerů.
- Nižší sekvenční komplexita (pouze jedna varianta, nikoli směs čtyř).
Nevýhody inosinové baze
- Není zcela univerzální — vykazuje preferenci vůči cytosinu (C).
- Může snižovat stabilitu dupletu v určitých pozicích.
- V některých případech může ovlivnit enzymatické procesy (např. PCR) v závislosti na kontextu a pozici.
Výhody degenerované baze „N“
- Skutečně náhodná baze — vhodná pro zvyšování diverzity, barcoding nebo mutagenezi.
- Snadná a široce podporovaná syntéza.
- Ideální pro tvorbu náhodných knihoven nebo randomizaci kodonů.
Nevýhody degenerované baze „N“
- Hlavní nevýhodou je, že poměr 1 : 1 : 1 : 1 jednotlivých bazí (A, G, C, T) je pouze teoretický.
- V reálných podmínkách syntézy oligonukleotidů se skutečné zastoupení jednotlivých bází v pozici „N“ často výrazně liší od ideálního poměru. To je způsobeno rozdíly v reakční účinnosti (coupling efficiency) jednotlivých fosforamiditových prekurzorů i dalšími faktory syntézy, jako je:
- konkrétní nastavení syntetizačního programu,
- fyzické rozmístění lahví s prekurzory v syntetizátoru,
- vzdálenost fosforamiditových linek od syntetizační kolony.
Možným řešením je příprava vlastního premixu fosforamiditových prekurzorů s kalibrovanými molárními poměry, které kompenzují rozdíly v účinnosti vazby.
Ani tato kalibrace však nezaručuje dokonale rovnoměrné rozložení všech čtyř bazí v dané pozici.
