modifikované oligonukleotidy

modifikované oligonukleotidy

Nejběžnější modifikace jsou na konci řetězce – na 3´ nebo na 5´ konci, popř. jejich kombinace. Modifikující molekula může být i uprostřed řetězce, baze v řetězci mohou být zaměněny za jejich analog, do řetězce mohou být vloženy spacery různé délky a povahy, funkční skupiny nebo molekuly. Modifikována může být i fosfátová vazba v řetězci na všech nebo jen na některých pozicích.

Méně běžné modifikace nebo jejich kombinace doporučujeme nejprve konzultovat, protože existují mnohá omezení pro syntézu i pro purifikaci výsledného produktu.

HEX

HEX HEX

Hexachlorofluorescein se běžně používá pro multiplexní reakce s FAM a TET. Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci.

Více
Hexynyl

Hexynyl Hexynyl

Používá se ke konjugacím tzv. „Click chemií." Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci.

Více
Cholesterol

Cholesterol Cholesterol

Zvyšuje lipofilitu oligonukleotidu a u antisense oligonukleotidů (fosforothioátů popř. jiných derivátů) zvyšuje prostupnost řetězců oligonukleotidů buněčnými membránami. Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci i 3' konci.

Více
JOE

JOE JOE

6-karboxy-4', 5'-dichlor-2', 7'-dimethoxyfluorescein se běžně používá pro multiplexní reakce s FAM. Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci.

Více
Inosin

Inosin Inosin

2´deoxyinosin je „univerzální“ baze (má schopnost se vázat na každou ze 4 standardních bazí). Může byt umístěn kdekoliv v řetězci oligonukleotidu.

Více
ROX

ROX ROX

ROX (6-Carboxy-X-rhodamine) je fluorofor z červené oblasti. Lze ho navázat na 3´konec řetězce, nebo pomocí NHS esteru na 5´. V případě vazby na 5´konec je nejprve na oligonukleotid navázán amino linker, přes který poté probíhá vlastní post-syntetické navázání ROX.

Více
Spacer 9

Spacer 9 Spacer 9

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Lze vázat několikrát za sebou.

Více
Spacer 18

Spacer 18 Spacer 18

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Jedná se o nejdelší spacer, který může být navázán v rámci jedné modifikace.

Více
Spacer C3

Spacer C3 Spacer C3

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci. Vícenásobnou vazbou vytváří dlouhé hydrofobní rameno. Na 3' konci slouží jako blokátor 3' polymerázové extenze. Lze vázat několikrát za sebou.

Více
Spacer C12

Spacer C12 Spacer C12

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Lze vázat několikrát za sebou.

Více
TET

TET TET

Tetrachlorofluorescein se běžně používá pro multiplexní reakce s FAM a HEX. Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci.

Více
Thiol SH

Thiol SH Thiol SH

Používá se jako mezistupeň pro další úpravy oligonukleotidu (vazba na speciální povrchy, konjugace) a jako blokáda 3' polymerázové extenze. Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci i 3' konci.

Více