ENG 
CZE Purifikace oligo
V GENERI BIOTECH provádíme 3 způsoby purifikace oligo:
- standardní purifikaci – výsledný produkt je zbavován pouze chemických nečistot (přebytku solí a chránících skupin). Tento typ purifikace je vhodný pro oligonukleotidy do délky 40 – 50 bazí.
- OPC purifikaci (Oligonucleotide Purification Cartridge) – výsledný produkt je zbavován kromě chemických nečistot (přebytek solí, chránící skupiny) i kratších nedosyntetizovaných řetězců. Tento typ purifikace je dostačující pro většinu standardních aplikací.
- HPLC purifikaci – oligonukleotid je s vysokou účinností separován od veškerých nečistot a sekvencí nesprávné délky. HPLC purifikace poskytuje vysoce čistý oligonukleotid vhodný i pro nejnáročnější aplikace. Naše modifikace HPLC purifikace: HPLC2 je kombinací iontově výměnné a reverzní HPLC s gradientovou elucí, která potencuje účinnost purifikace a minimalizuje tak ztráty vznikající při opakované HPLC purifikaci. HPLC2 zvyšuje výslednou kvalitu sond a modifikovaných oligonukleotidů, takže při použití stejného množství sondy v reakci dochází k nárůstu fluorescence o 10-40% v porovnání se sondou purifikovanou původní HPLC metodou.
Standardní purifikace je bez příplatku, u OPC a HPLC se účtuje jeden příplatek za každý purifikovaný oligonukleotid. Příplatek je stejný pro všechny lhůty, značení nebo jiné modifikace oligo. Konkrétní ceny purifikace zjistíte pomocí oligokalkulátoru po přihlášení v zákaznickém portálu.
Porovnání sond purifikovaných HPLC2 a „starou“HPLC
Zobrazeny jsou qPCR křivky sond určených pro genotypizaci, proto qPCR křivky nemají učebnicový S tvar.
Všechny experimenty byly provedeny na real-time PCR cykléru CFX96/CFX96Touch (Bio-Rad) za použití příslušné GB sondy a GB master mix.
Obr.1: Sonda FAM-BHQ1
Zelená křivka – odpovídá záznamu sondy po HPLC2
Modrá křivka – sonda purifikovaná původní HPLC metodou
RFU – relative fluorescence unit
Obr. 2: Sonda HEX-BHQ1
Zelená křivka – odpovídá záznamu sondy po HPLC2
Modrá křivka – sonda purifikovaná původní HPLC metodou
RFU – relative fluorescence unit
Garantované a obvyklé výtěžky jednotlivých typů purifikací (oligo o délce 15-50 bazí)
| SCALE 20 nmol | garantovaný výtěžek (nmol) | obvyklý výtěžek (nmol) |
|---|---|---|
| standardní purifikace | 10 | 13-20 |
| OPC purifikace | 8 | 13-17 |
| HPLC purifikace | N/A | N/A |
| SCALE 40 nmol | garantovaný výtěžek (nmol) | obvyklý výtěžek (nmol) |
|---|---|---|
| standardní purifikace | 20 | 35-40 |
| OPC purifikace | 10 | 30-35 |
| HPLC purifikace | 5 | 10-35 |
| SCALE 200 nmol | garantovaný výtěžek (nmol) | obvyklý výtěžek (nmol) |
|---|---|---|
| standardní purifikace | 60 | 130-180 |
| OPC purifikace | 40 | 45-130 |
| HPLC purifikace | 20 | 25-100 |
| SCALE 1 µmol | garantovaný výtěžek (nmol) | obvyklý výtěžek (nmol) |
|---|---|---|
| standardní purifikace | 300 | 350-500 |
| OPC purifikace | 100 | 200-300 |
| HPLC purifikace | 50 | 100-250 |