U zkoumané linie se pomocí tzv. fragmentační analýzy autozomálních polymorfismů získá profil genomové DNA, který se porovná s publikovaným referenčním profilem. Na základě srovnání s tímto profilem lze ověřit, jestli se jedná o shodnou linii, případně jestli linie obsahuje kontaminaci jinou linií.
Chybná identifikace či cross-kontaminace buněčných linií vede k získání chybných dat a nereprodukovatelnosti výsledků vědeckých experimentů v oblasti life-science.
Fenotyp buněk se také může měnit s počtem pasáží. Odhaduje se, že 18 – 36 % všech buněčných linií používaných k vědeckým experimentům je chybně identifikovaných nebo kontaminovaných jinou buněčnou linií.
Některé vědecké časopisy doporučují před publikací článku autentizovat buněčné linie. 1 J.R. Masters, J.A. Thomson, B. Daly-Burns, Y.A. Reid, W.G. Dirks, P. Packer, L.H. Toji, T. Ohno, H. Tanabe, C.F. Arlett, L.R. Kelland, M. Harrison, A. Virmani, T.H. Ward, K.L. Ayres and P.G. Debenham: Short tandem repeat profiling provides an international reference standard for human cell lines; PNAS 2001; 98(14): 8012-8017; doi:10.1073/pnas.121616198
Parametry testu
Testem se stanoví:
- porovnání linie s referenčním profilem
- srovnání dvou dodaných buněčných kultur (např.
s rozdílnou pasáží)
- určení kontaminace jinou buněčnou linií
Doporučení, kdy testovat buněčné linie
- před začátkem dlouhodobého experimentu a na jeho konci
- při podezření na kontaminaci
- před deponováním buněčné linie
Požadavky na vstupní materiál
Zákazník poskytne izolovanou genomovou DNA, případně peletu sklizených buněk. Koncentrace gDNA v izolátu = 50 ng/ µl, objem min 10 µl nebo buněčná peleta obsahující 2×106 buněk.
Výstup testu
Výstupem je výsledkový protokol v češtině nebo angličtině
Doprava materiálu k testování
Zachlazené (2 – 8 °C) pokud doba přepravy nepřesáhne 24 hod, v opačném případě doporučujeme dopravu na suchém ledu.