modifikované oligonukleotidy

modifikované oligonukleotidy

Nejběžnější modifikace jsou na konci řetězce – na 3´ nebo na 5´ konci, popř. jejich kombinace. Modifikující molekula může být i uprostřed řetězce, baze v řetězci mohou být zaměněny za jejich analog, do řetězce mohou být vloženy spacery různé délky a povahy, funkční skupiny nebo molekuly. Modifikována může být i fosfátová vazba v řetězci na všech nebo jen na některých pozicích.

Méně běžné modifikace nebo jejich kombinace doporučujeme nejprve konzultovat, protože existují mnohá omezení pro syntézu i pro purifikaci výsledného produktu.

CFR 610

CFR 610 CFR 610

CFR 610 je fluorofor z oranžovo-červené oblasti. Používá se i jako vhodná alternativa za fluorofor Texas Red. CFR 610 může být navázán k oligonukleotidu pouze na 5´konci.

Více
CFR 635

CFR 635 CFR 635

CFR 635 je fluorofor z oranžovo-červené oblasti. Používá se jako vhodná alternativa za LC red 640. CFR 635 může být navázán k oligonukleotidu pouze na 5´konci.

Více
Cy3

Cy3 Cy3

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.

Více
Cy3.5

Cy3.5 Cy3.5

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.

Více
Cy5.5

Cy5.5 Cy5.5

Jedná se o fluorofor z deep red oblasti, může být navázán k oligonukleotidu na 5′ konci. Purifikace modifikovaného oligonukleotidu nutná.

Více
Cy5

Cy5 Cy5

Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci. Purifikace modifikovaného oligonukleotidu nutná.

Více
D-spacer

D-spacer D-spacer

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používá se jako stabilní abazické místo v řetězci oligonukleotidu.

Více
dU

dU dU

Deoxyuridin bývá v DNA oligonukleotidu nahrazován za deoxythimin. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci.

Více
Fluorescein

Fluorescein Fluorescein

Jedná se o směs izomerů 5- a 6- karboxyfluoresceinu. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci.

Více
Fluorescein-dT

Fluorescein-dT Fluorescein-dT

Fluorescein je připojen přes 6-uhlíkový spacer do polohy 5 thyminového kruhu. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci.

Více
Fosfát

Fosfát Fosfát

Může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci i 3' konci. Na 5' konci se používá pro ligaci. Na 3' konci slouží jako blokátor 3' polymerázové extenze.

Více
Fosforothioáty

Fosforothioáty Fosforothioáty

Fosforothioáty obsahují záměnu jednoho kyslíku ve fosfátové vazbě za síru. Záměnou kyslíku za síru se zvyšuje odolnost oligonukleotidu proti nukleázám.

Více