modifikované oligonukleotidy

modifikované oligonukleotidy

Nejběžnější modifikace jsou na konci řetězce – na 3´ nebo na 5´ konci, popř. jejich kombinace. Modifikující molekula může být i uprostřed řetězce, baze v řetězci mohou být zaměněny za jejich analog, do řetězce mohou být vloženy spacery různé délky a povahy, funkční skupiny nebo molekuly. Modifikována může být i fosfátová vazba v řetězci na všech nebo jen na některých pozicích.

Méně běžné modifikace nebo jejich kombinace doporučujeme nejprve konzultovat, protože existují mnohá omezení pro syntézu i pro purifikaci výsledného produktu.

2’F-RNA

2’F-RNA 2’F-RNA

Na rozdíl od RNA je 2'-F-RNA chemicky stabilnější (vůči nukleázám je stabilní v řádu dní). Duplexy s RNA neaktivují RNázu H a jsou stabilnější (vyšší Tm) než duplexy DNA/RNA. Používá se především pro antisense aplikace. Může být navázána k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci.

Více
2’OMe-RNA

2’OMe-RNA 2’OMe-RNA

Na rozdíl od RNA je 2'-O-methyl-RNA chemicky stabilnější (vůči nukleázám je stabilní v řádu dní). Duplexy s RNA neaktivují RNázu H a jsou stabilnější (vyšší Tm) než duplexy DNA/RNA. Používá se především pro antisense aplikace. Může být navázána k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci.

Více
2’3′-ddC

2’3′-ddC 2’3′-ddC

Slouží jako blokátor 3' polymerázové extenze. Může být navázán k oligonukleotidu na 3' konci.

Více
5-Br-dU

5-Br-dU 5-Br-dU

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci. Používá se pro krystalografické studie struktur oligonukleotidů. Je fotolabilní, čehož se využívá v cross-linking studiích zkoumajících struktury protein-DNA komplexů.

Více
5-I-dU

5-I-dU 5-I-dU

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používá se pro krystalografické studie struktur oligonukleotidů. Je fotolabilní, čehož se využívá v cross-linking studiích zkoumajících struktury protein-DNA komplexů.

Více
5-Me-dC

5-Me-dC 5-Me-dC

Zvyšuje stabilitu duplexu a je vhodný pro antisense aplikace. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci.

Více
6-FAM

6-FAM 6-FAM

Jedná se o čistý izomer 6-karboxyfluoresceinu. Patří k nejpoužívanější fluorescenční modifikaci oligonukleotidů a je kompatibilní s většinou fluorescenčních zařízení. 6-FAM může být navázán k oligonukleotidu na 5' konci i 3' konci.

Více
7-Deaza-dA

7-Deaza-dA 7-Deaza-dA

Používá se pro zkoumání změny aktivity oligonukleotidu změnou hlavního konstrukčního prvku. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.

Více
7-Deaza-8-aza-dG

7-Deaza-8-aza-dG 7-Deaza-8-aza-dG

Používá se pro zkoumání změny aktivity oligonukleotidu změnou hlavního konstrukčního prvku. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.

Více
8-Amino-dA

8-Amino-dA 8-Amino-dA

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používají se pro tvorbu triplexů, kterou umožňuje přítomnost další aminoskupiny.

Více
8-Amino-dG

8-Amino-dG 8-Amino-dG

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používají se pro tvorbu triplexů, kterou umožňuje přítomnost další aminoskupiny.

Více
8-Oxo-dG

8-Oxo-dG 8-Oxo-dG

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používá se pro studium struktury a aktivity oligonukleotidů obsahující 8-oxo mutaci, která vzniká v přírodě působením oxidačních vlivů nebo ionizujícího záření na DNA.

Více
Předchozí 1 2 3 5