modifikované oligonukleotidy

modifikované oligonukleotidy

Nejběžnější modifikace jsou na konci řetězce – na 3´ nebo na 5´ konci, popř. jejich kombinace. Modifikující molekula může být i uprostřed řetězce, baze v řetězci mohou být zaměněny za jejich analog, do řetězce mohou být vloženy spacery různé délky a povahy, funkční skupiny nebo molekuly. Modifikována může být i fosfátová vazba v řetězci na všech nebo jen na některých pozicích.

Méně běžné modifikace nebo jejich kombinace doporučujeme nejprve konzultovat, protože existují mnohá omezení pro syntézu i pro purifikaci výsledného produktu.

2′-DeoxyNebularine

2′-DeoxyNebularine 2′-DeoxyNebularine

Univerzální baze nahrazující místo N v řetězci oligonukleotidu. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.

Více
2’F-RNA

2’F-RNA 2’F-RNA

Na rozdíl od RNA je 2'-F-RNA chemicky stabilnější (vůči nukleázám je stabilní v řádu dní). Duplexy s RNA neaktivují RNázu H a jsou stabilnější (vyšší Tm) než duplexy DNA/RNA. Používá se především pro antisense aplikace. Může být navázána k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci.

Více
2’OMe-RNA

2’OMe-RNA 2’OMe-RNA

Na rozdíl od RNA je 2'-O-methyl-RNA chemicky stabilnější (vůči nukleázám je stabilní v řádu dní). Duplexy s RNA neaktivují RNázu H a jsou stabilnější (vyšší Tm) než duplexy DNA/RNA. Používá se především pro antisense aplikace. Může být navázána k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci.

Více
2’3′-ddC

2’3′-ddC 2’3′-ddC

Slouží jako blokátor 3' polymerázové extenze. Může být navázán k oligonukleotidu na 3' konci.

Více
3-Deaza-dA

3-Deaza-dA 3-Deaza-dA

Používá se pro zkoumání změny aktivity oligonukleotidu změnou hlavního konstrukčního prvku. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.

Více
5-(1-Propynyl)-dC (pdC)

5-(1-Propynyl)-dC (pdC) 5-(1-Propynyl)-dC (pdC)

Používá se pro zvýšení stability duplexu a teploty tání při zachování specifity. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.

Více
5-(1-Propynyl)-dU (pdU)

5-(1-Propynyl)-dU (pdU) 5-(1-Propynyl)-dU (pdU)

Používá se pro zvýšení stability duplexu a teploty tání při zachování specifity. Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce.

Více
5-Br-dC

5-Br-dC 5-Br-dC

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používá se pro krystalografické studie struktur oligonukleotidů. Je fotolabilní, čehož se využívá v cross-linking studiích zkoumajících struktury protein-DNA komplexů.

Více
5-Br-dU

5-Br-dU 5-Br-dU

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci. Používá se pro krystalografické studie struktur oligonukleotidů. Je fotolabilní, čehož se využívá v cross-linking studiích zkoumajících struktury protein-DNA komplexů.

Více
5-F-dU

5-F-dU 5-F-dU

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používá se pro krystalografické studie struktur oligonukleotidů. Je fotolabilní, čehož se využívá v cross-linking studiích zkoumajících struktury protein-DNA komplexů.

Více
5-I-dC

5-I-dC 5-I-dC

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používá se pro krystalografické studie struktur oligonukleotidů. Je fotolabilní, čehož se využívá v cross-linking studiích zkoumajících struktury protein-DNA komplexů.

Více
5-I-dU

5-I-dU 5-I-dU

Může být navázán k oligonukleotidu kdekoliv v řetězci s výjimkou 3' konce. Používá se pro krystalografické studie struktur oligonukleotidů. Je fotolabilní, čehož se využívá v cross-linking studiích zkoumajících struktury protein-DNA komplexů.

Více
Předchozí 1 2 3 7